No início, Alison e Courtney eram melhores amigas, faziam tudo juntas. Mas, com o tempo, Alison começou a sentir ciúmes da sua irmã, que era mais popular, e obrigava Courtney a fingir ser ela. As duas brigavam muito, e a gota da água foi quando os DiLaurentis encontraram Courtney tentando sufocar Alison. Médicos foram chamados e testes foram feitos, diagnosticando Courtney com esquizofrenia paranoica. Os DiLaurentis se mudaram para Rosewood e internaram Courtney em um hospital psiquiátrico. Meses depois, Courtney volta para casa e encontra uma oportunidade de tomar o lugar de Ali, enquanto Ali é levada para o hospital psiquiátrico. Ela lê o diário e começa a usar o anel que era da Ali e se torna amiga de Hanna, Spencer, Aria e Emily, e ela precisa de atenção total das Liars, mas, de alguma forma, as meninas traem Courtney.
Spencer não convida Courtney para a festa de Melissa e ela se vinga convencendo Ian a seduzir Spencer. Courtney vê os dois se beijando e Spencer resolve manter o beijo em segredo, mas, quando ela admite ter beijado Ian, Courtney ameaça a contar tudo para Melissa. Hanna faz uma nova amiga, Josie, e elas falam mal de Courtney, que se vinga fazendo Hanna ver o menino que ela gosta transando com Josie. Aria não quer falar sobre seus problemas familiares e Courtney acidentalmente vê o pai de Aria beijando outra mulher. Quando Aria conta que vai se mudar para Islândia, Courtney encontra uma forma de Aria descobrir a traição de seu pai. Emily se recusa a contar por quem ela está apaixonada. Courtney descobre que, na verdade, Emily gosta dela. Emily admite estar apaixonada por ela e a entrega uma carta de amor. Três dias antes da festa do pijama, Alison volta pra casa e começa a atormentar Courtney, que fica completamente paranoica. Na festa do pijama, Spencer e Courtney brigam. Courtney foge e Spencer a segue, e, para Spencer não ver Alison, Courtney conta que fez Ian beijá-la, deixando Spencer furiosa, que empurra Courtney no chão. Courtney se levanta e foge, e encontra sua mãe beijando o pai da Spencer. Alison aparece e a duas começam a brigar. Ali tenta matar Courtney, mas Courtney consegue se salvar. Ali vê alguém levando Courtney para o gazebo e, momentos depois, Courtney morre, mas, antes, ela reconhece duas vozes: a de Alison e de outra pessoa. Eles tinham planejado o assassinato durante todo o tempo. Alison e seu cúmplice colocam o corpo de Courtney num buraco. Alison vai para casa e tenta convencer os seus pais de que ela é realmente Alison, mas como ela não está usando o seu anel, os dois continuam a acreditar que ela é Courtney. Quando as Liars a contam que “Ali” sumiu, a Sra. DiLaurentis começa a acreditar que “Courtney” fez algo de ruim para sua irmã gêmea e, então, decide levá-la de volta para o hospital psiquiátrico. No caminho, Ali encontra uma misteriosa pessoas e promete vingança.
Nota: Este livro é intitulado "Os Segredos de Ali", mas é realmente sobre sua irmã gêmea, Courtney, que fingiu ser Alison, durante a maior parte do livro.
As vidas das garotas estão de cabeça para baixo por causa do cativeiro e cada uma delas está em busca de respostas para que suas provações façam sentido. Aria se foca em Andrew, tentando entender quem ele realmente é, ao mesmo tempo em que Emily tenta se conectar com um novo amigo. 